Des cavités réputées au plan sportif, celle du Verneau dans la vallée du Lison est considérée comme le plus long réseau mondial après siphon (28 000 m), qui font qu'en Franche-Comté les spéléos descendent au paradis.
Des grottes qui sont également renommées au plan touristique.
Grottes, sources ou résurgences que l'on visite pour découvrir les rivières souterraines aux Planches près d'Arbois, à Baume-les-Messieurs, à Osselle ; gouffre où l'on descend facilement comme à Poudrey vers Besançon ; grotte-chapelle miraculeuse de Remonot en aval de Pontarlier.
Le voyage au centre de la terre en Franche-Comté est aussi une façon de remonter le temps : ses grottes furent l'habitat des premiers hommes préhistoriques connus en France comme à Vergranne, des refuges lors des invasions, des cachettes pour les résistants comtois à l'envahisseur français au 17e, pour les prêtres réfractaires à la Révolution et pour les maquisards de la dernière guerre.
Lieux de légendes aussi évidemment : grotte du trésor, repaire de la Vouivre...
Enfin, elles sont le biotope des chauves-souris dont la diversité du réseau cavernicole comtois explique la présence dans le sous-sol régional d'une importante population et de la presque totalité des espèces répertoriées en France. Les richesses cachées sous terre ne sont pas celles qu'on imagine.